Các mẫu nước được lấy tại ao nuôi Cây cui, huyện Cần Giờ, Tp. Hồ Chí Minh và được lấy tại 13 điểm bao gồm 7 mẫu là nước đầu vào và nước trong ao nuôi, 5 mẫu là nước xiphong ra từ trong ao và 3 mẫu thu quanh con kênh mà nước thải từ ao chất thải ra môi trường. Mẫu sẽ được lấy theo chu kỳ 1 tuần/lần và sau khi lấy mẫu sẽ được bảo quản và vận chuyển về phòng thí nghiệm và lưu trữ ở nhiệt độ thích hợp. Các ao sẽ có diện tích từ 2200 - 4000 m2 và nuôi với mật độ khoảng 300.000 con/vụ. Hai ao được lấy khác nhau về phương pháp xử lý nước đầu vào, ao A sử dụng quá trình lắng, không xử dụng bất kì hóa chất nào, còn ao B sử dụng các hóa chất như thuốc tím, khử trùng và xử lý nước đầu vào. Các điểm mẫu được lấy lần lượt là: nước đầu vào; nước sau xử lý đầu vào; nước trong ao đang nuôi; nước sau xi phông và nước được thải ra môi trường tiếp nhận (sông, nước mặt).
Các chỉ tiêu phân tích dựa trên phương pháp phân tích chuẩn như: pH (TCVN 6492:2011), DO (TCVN 5499-1995), COD (SMEWW 52220C.2012), TSS (TCVN 6625:2000), N-NH4 (TCVN 5988:1995), N-NO2 (TCVN 8742:2011), N-NO3 (US. EPA 352.1:1971), vi khuẩn Vibrio parahaemolyticus gây bệnh gan tụy và virus đốm trắng (WSSV) phân tích bằng Realtime PCR và LAMP./.