Trường hợp chất thải rắn y tế nguy hại được tự xử lý, thu hồi năng lượng tại cơ sở thì căn cứ vào công nghệ, kỹ thuật hiện có, chủ nguồn thải chất thải y tế nguy hại được lựa chọn phân loại hoặc không phân loại chất thải y tế nguy hại.

Việc xử lý chất thải rắn y tế nguy hại sẽ tập trung tại lò đốt chất thải y tế Plasma đặt tại xã Vĩnh Hoà Hiệp, huyện Châu Thành. Còn việc xử lý chất thải rắn y tế nguy hại theo mô hình cụm cơ sở y tế được phân rõ về cơ sở. Trong đó, Bệnh viện Đa khoa tỉnh Kiên Giang thu gom và xử lý chất thải rắn y tế nguy hại cho tất cả các cơ sở y tế trên địa bàn TP Rạch Giá, huyện Châu Thành, An Biên và giáp ranh (không bao gồm cơ sở Bệnh viện Lao và Bệnh phổi, Bệnh viện Tâm thần, Trung tâm Y học hạt nhân và Xạ trị).

Trung tâm Y tế TP Phú Quốc thu gom và xử lý chất thải rắn y tế nguy hại cho tất cả các cơ sở y tế trên địa bàn thành phố (không bao gồm cơ sở Vườn thú Vinpearl Safari Phú Quốc, Bệnh viện Đa khoa Quốc tế Vinmec Phú Quốc).

Trường hợp công trình xử lý chất thải rắn y tế nguy hại của các cơ sở không đảm bảo hoặc có sự cố phát sinh chất thải tạm thời gây quá tải, chất thải y tế được vận chuyển về cơ sở xử lý tập trung theo quy định.

Thực hiện xử lý chất thải rắn y tế nguy hại tại chỗ cho 9 cơ sở y tế thuộc các xã đảo gồm xã Hòn Tre, Lại Sơn, Nam Du và An Sơn thuộc huyện Kiên Hải; xã Sơn Hải và Hòn Nghệ thuộc huyện Kiên Lương; xã Tiên Hải thuộc TP Hà Tiên; xã Thổ Châu và phường An Thới thuộc TP Phú Quốc. Cơ sở tự xử lý chất thải rắn y tế nguy hại phát sinh trong khuôn viên cơ sở phải đáp ứng yêu cầu theo quy định.