Mục tiêu của quy hoạch là nhằm xây dựng hệ thống quan trắc môi trường quốc gia đồng bộ, tiên tiến hiện đại, giám sát được các khu vực trọng yếu có tính chất liên vùng, liên tỉnh, xuyên biên giới, khu vực tập trung nhiều nguồn thải và thực hiện quan trắc đa dạng sinh học tại các khu bảo tồn thiên nhiên, hành lang đa dạng sinh học, khu vực đa dạng sinh học cao; tăng cường tính liên kết với các hệ thống quan trắc môi trường cấp tỉnh; bảo đảm theo dõi diễn biến chất lượng môi trường; đáp ứng yêu cầu...